Si accede alle sale di Fondazione Modena Arti Visive salendo al primo piano dove si trova la Sala Grande. Proseguendo a sinistra si accede alla scala che porta alle Sale Superiori al secondo piano. Allo stesso livello, trovano ubicazione anche parte delle collezioni di fotografia e la collezione di disegno e grafica oggi gestite da Fondazione Modena Arti Visive, che studiosi e appassionati possono visionare su appuntamento. 

Se dalla Sala Grande si prosegue in direzione opposta, superati biglietteria e bookshop, si accede alla scala che porta alla collezione Museo della Figurina, istituita a partire dalla donazione di Giuseppe Panini: un ampio spazio allestito con espositori concepiti come grandi album da sfogliare e una vetrina di 12 metri, che ospita anche mostre ed eventi temporanei.

A Palazzo Santa Margherita, sono presenti anche due laboratori che Fondazione Modena Arti Visive mette a disposizione per le attività dedicate a bambini e ragazzi.